Fue fundada el 4 de agosto de 1887 por el coronel Manuel José Olascoaga a partir del fortín "IV División", siendo la primera capital provincial concreta (le habían precedido los fortines de Ñorquín y Campana Mahuida) del Territorio del Neuquén, hasta 1904, en que la sede de las autoridades provinciales fue trasladada a la ciudad de Neuquén.
La fundación de Chos Malal obedeció al objetivo de controlar las rutas de arreos de ganados entre los dos lados de la cordillera de los Andes, y esto se realizó poco después de que se desalojara de una especie de fortaleza ubicada en Varvarco a un grupo de contrabandistas y "cuatreros".
De esa época queda el antiguo edificio de la Casa de Gobierno que tiene ciertas semejanzas con un pequeño castillo medieval, no porque date de aquel tiempo sino porque era el estilo de moda.
La llegada, (1904), del Ferrocarril al Pacifico, a la región conocida por aquel entonces, de la Confluencia, hoy Neuquen, hizo que en poco tiempo se priorizaran intereses personales, en desmedro de esta joven ciudad, y no tardo mucho tiempo hasta que entre gallos y medianoches, Chos Malal perdiese su condición de Capital del Territorio, junto con esta se perdieron muchos proyectos que al día de hoy duermen en algunos cajones y que impidieron un desarrollo y crecimiento de esta como de su zona de influencia, por solo citar algunos están el Ferrocarril Cordillerano desde Mendoza hacia el Sur, y el que lo unía a Cte. Cordero, También el Paso a Chile por Pichachen o Moncol.
