Veinte años después de la denominada Conquista del Desierto y en cumplimiento de instrucciones militares emanadas de la División los Andes comandada entonces por el Gral. Rudecindo Roca (hermano de Julio Argentino) se decide fundar el 4 de febrero de 1898 un pueblo a 40 km al SO de Fuerte Junín, en la cabecera oriental del lago Lácar.
Esta región era parte del territorio habitado por la tribu mapuche Curruhuinca que perteneciera al parlamento del cacique Valentín Sayhueque, pero a quien no apoyara en ocasión de ser éste expulsado por las tropas de Villegas.
La zona, disputada con Chile según se tenga en consideración la divisoria de aguas -el Lácar desagua al Pacífico- o la línea de altas cumbres, quedó definitivamente integrada a la Argentina en 1902, luego del laudo arbitral pronunciado por Eduardo VII, que en esta zona favoreció la tesis del Perito Moreno, para este caso por altas cumbres.
Recientemente y gracias a una literatura encontrada por el ex-intendente Sergio Schroh se pudo saber que el verdadero fundador de San Martín de los Andes -en aquel verano de 1898- fue el Tte. Cnel. Pérez, porque ese día sus superiores se hallaban “descubriendo” las virtudes terapéuticas de las termas de Lahuen-co.
Los primeros 30 años de San Martín de los Andes se vivieron al ritmo del Ejército, tuvo administración militar hasta 1907, (observe los nombres castrenses de sus calles) y de la explotación maderera extractiva de la cuenca del Lácar.
En 1937 se funda el Parque Nacional Lanín que, por la década del 60, empieza a limitar la actividad forestal. Con las construcciones del centro invernal Chapelco y del hotel Sol de los Andes, en la década del 70, eclosiona el turismo que es hoy su principal recurso.
