Un barco llamado Desiré

La historia de Puerto Deseado, se remonta al año 1520, cuando Hernando de Magallanes descubrió la ría en su intento por encontrar una salida hacia el Pacífico.

El primer nombre fue bahía de los Trabajadores, y el actual nombre de la ciudad se debe al nombre de la embarcación del capitan inglés Thomas Cavendish, que en el año 1586 llegó con el barco llamado Desiré, de allí el nombre de Puerto Deseado.

La ciudad cuenta con la Reserva Natural Ría Deseado, ubicada en la entrada de Puerto Deseado y delimitada por la ría. En esta reserva se protege las costas, las islas e islotes, un sector de la estepa patagónica y su flora y fauna.

Es un buen lugar para realizar avistamiento de fauna marina, donde se pueden encontrar lindos ejemplares de toninas overas (uno de los delfines más pequeños del mundo), los pingüinos Magallanes que tienen sus colonias en los islotes, donde tambien hay lobos marinos.

En la costa y islotes, se pueden encontrar cerca de quince especies de aves marinas y costeras que nidifican en el área. También hay pingüinos patagónicos, dos especies de escúas (la parda y la común), tres especies de gaviotines (el sudamericano, el de pico amarillo y el real), dos especies de gaviotas (la cocinera y la gris) y el petrel gigante del Sur.

Los habitantes destacados en el Parque Interjuridiscional Isla Pingüino, son los pingüinos de penacho amarillo, que son una variedad que sólo se encuentran aquí. Estos pingüinos de penacho amarillo arriban en octubre.
Se los puede ver caminar con gran singularidad, balanceandose, moviendo la cabeza, dando saltos, con su pecho blanco erguido y su penacho amarillo.

En la isla también habitan los pingüinos Magallanes y los lobos marinos.

En esta isla existe un faro, y se pueden encontrar rastros de la época en que funcionó la Compañía Pesquera, que se dedicaba a la caza de lobos para producir aceite y vender los cueros.

La Compañía Pesquera funcionó entre los años 1790 y 1807, hasta que una fragata inglesa atacó Puerto Deseado, entonces los colonos se mudaron a Patagones. Tanto la Compañía Pesquera como Puerto Deseado fueron abandonados, hasta que se reactiva la vida con la llegada del ferrocarril.